兰州交通大学保卫组织由中共兰州交通大学党委保卫部、 兰州交通大学保卫处、兰州交通大学派出所三个机构组成。其中保卫部和保卫处是学校党委和学校行政领导下的职能部门，派出所业务受上级公安部门指导。保卫处下设保卫科、治安科、消防科和户籍室。其中：

保卫科——主要负责政治调研、国家安全、政治案件查处、政治审查及保卫处办公室日常事务等工作。

治安科——主要行使派出所的职权，负责治安管理、治安案件和刑事案的查破、保安管理等工作。

消防科——主要负责消防安全检查，火情隐患的调查整改，火灾事故查处，灭火设备器材的维修更换等工作。